【年末調整 令和8年分③】担当者向け｜申告書の点検から精算・1月の提出まで
申告書は集まった。給与ソフトに入力すれば計算はしてくれる。——それでも年末調整の時期になると、担当者の方の負担は一気に増えます。 申告書の書き漏れの確認、社員からの質問、12月の精算、そして1月の提出。
しかも令和8年分は、基礎控除などの改正を12月の年末調整でまとめて精算する年です（第1回参照）。例年より還付が大きくなりやすく、**「納める源泉所得税より、社員に返す額のほうが多い」**という事態も起こりえます。
第3回は会社の担当者の方向けに、申告書の点検から1月の提出までを、作業の順番どおりに整理します。
※ この記事は令和8年11月8日現在の公表情報（国税庁「令和8年分 年末調整のしかた」等）にもとづいています。
この連載（全3回）の構成
| 回 | テーマ | 主な読み手 |
|---|---|---|
| 第1回 | 年末調整の全体像と令和8年分の変更点 | 会社・社員の両方 |
| 第2回 | 申告書の書き方とよくある間違い | 社員 |
| 第3回（この記事） | 書類の点検から精算・1月の提出まで | 会社の担当者 |
1. 作業の全体像
| 段階 | 時期 | 作業 |
|---|---|---|
| STEP 1 | 11月下旬〜12月上旬 | 回収した申告書・添付書類の点検 |
| STEP 2 | 12月 | 1年分の給与・賞与と源泉徴収税額の集計 |
| STEP 3 | 12月 | 年税額の計算 |
| STEP 4 | 12月の最後の給与 | 過不足の精算（還付・徴収） |
| STEP 5 | 翌年1月 | 源泉所得税の納付、源泉徴収票の交付、税務署・市区町村への提出 |
2. STEP 1：申告書の点検
給与ソフトは、入力された内容を正しく計算してくれます。しかし、入力の元になる申告書が間違っていれば、計算結果も間違います。 点検は、担当者にしかできない仕事です。
扶養控除等（異動）申告書
| 点検ポイント | 見るところ |
|---|---|
| 扶養親族の所得 | 令和8年分は**所得62万円以下（年収136万円以下）**か。改正前の基準のまま判断していないか |
| 今年の1月から状況が変わった人 | 結婚・出産・家族の就職などが反映されているか |
| 16歳未満の子 | 扶養親族の欄ではなく、住民税の欄に書かれているか |
| 中途入社の人 | 前の勤務先の源泉徴収票が出ているか |
| 夫婦とも社員の場合 | 同じ子を2人とも書いていないか |
令和8年分の要注意点：今年1月の時点で「年収123万円を超えるから扶養に入らない」とされた家族が、改正後は扶養に入れる場合があります。国税庁も、新たに要件を満たす家族の控除を受けるには、扶養控除等（異動）申告書の提出が必要としています。社員への案内に一言添えておくと漏れを防げます。
基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書（4つが1枚の書類）
| 点検ポイント | 見るところ |
|---|---|
| 基礎控除申告書 | 全員分そろっているか。独身者が白紙で出していないか |
| 配偶者・子の所得 | 年収ではなく所得で書かれているか（給与だけなら、多くは「年収－74万円」） |
| 特定親族特別控除 | 19〜22歳の子の年収が136万円超197万円以下なら、記載されているか |
| 所得金額調整控除 | 年収850万円超で23歳未満の扶養親族がいる人の記載漏れはないか（夫婦の両方で適用可） |
保険料控除申告書
| 点検ポイント | 見るところ |
|---|---|
| 金額 | 控除証明書の「証明額」ではなく**「申告額」**か |
| 添付 | 控除証明書の原本（または電子データ）が添付されているか |
| 生命保険料 | 新契約・旧契約の区分は正しいか。23歳未満の扶養親族がいる人の上限6万円の特例が反映されているか |
| 家族の国民年金 | 控除証明書が添付されているか |
| iDeCo | 社会保険料の欄ではなく小規模企業共済等掛金控除の欄か。本人の分だけか |
住宅ローン控除申告書
| 点検ポイント | 見るところ |
|---|---|
| 年分 | **「令和8年分」**の用紙か |
| 適用年 | 2年目以降か（1年目は確定申告） |
| 残高 | 年末残高証明書の金額と合っているか。連帯債務・共有の場合に負担割合を掛けているか |
3. STEP 2：1年分の集計
令和8年1月1日から12月31日までに支給日が来た給与・賞与を集計します。
| 注意点 | 内容 |
|---|---|
| 未払の給与 | 12月が支給日なのに未払いの給与も、今年分に含める |
| 非課税の通勤手当 | 非課税の範囲内の金額は含めない |
| 中途入社の人 | 前の勤務先の支給額・社会保険料・源泉徴収税額を合算する |
| 年の途中で退職した人 | 原則として年末調整の対象外（第1回参照）。集計から外す |
4. STEP 3：年税額の計算
給与ソフトがやってくれる部分ですが、流れを知っておくと、社員から質問されたときや、結果がおかしいときに気づけます。
令和8年分で確認しておきたいこと：給与ソフトが令和8年分の改正（基礎控除104万円、給与所得控除の最低保障額74万円、令和8年分の「給与所得控除後の給与等の金額の表」）に更新されているかを、計算を始める前に確かめてください。クラウド型のソフトは自動で更新されますが、パソコンにインストールするタイプは更新プログラムの適用が必要な場合があります。
5. STEP 4：過不足の精算
| 結果 | 意味 | 精算のしかた |
|---|---|---|
| 源泉徴収した税額 ＞ 年税額 | 取りすぎ（過納額） | 最後の給与で社員に還付 |
| 源泉徴収した税額 ＜ 年税額 | 不足（不足額） | 最後の給与から追加で徴収 |
還付しきれないとき（令和8年分は特に注意）
還付は、会社が税務署に納める源泉所得税の中から行います。12月分の源泉所得税だけでは足りない場合は、翌年1月以降に納める源泉所得税から順に充てて還付します。
令和8年分は改正の影響で還付額が大きくなりやすく、社員の少ない会社や、納期の特例を受けていない会社では、1か月分の源泉所得税では賄えない場合が考えられます。それでも翌年2月末日までに還付しきれない見込みのときは、会社が社員から委任を受けて、税務署に直接還付を請求する手続き（年末調整過納額還付請求書 兼 残存過納額明細書）があります。資金繰りにも関わるので、早めに金額を見込んでおくと安心です。
不足額が大きいとき
不足額が多く、12月の給与の手取りが大きく減ってしまう場合（1月〜11月の平均の手取りの7割に満たない場合）は、税務署長の承認を受けて、翌年1月・2月に分けて徴収する制度があります。社員が「年末調整による不足額徴収繰延承認申請書」を、最後の給与の支給日の前日までに会社を通じて税務署に出す必要があるので、不足額が大きくなりそうな人には早めに声をかけてください。
年末調整のやり直し
年末調整のあと、12月31日までに結婚・出産などで扶養の状況が変わった場合や、申告書の書き漏れが見つかった場合は、源泉徴収票を交付する翌年1月末までなら、会社で年末調整をやり直せます。それを過ぎたら、社員本人が確定申告で精算します。
6. STEP 5：1月の手続き
| 手続き | 提出先 | 本来の期限 | 令和9年の期限 |
|---|---|---|---|
| 源泉所得税の納付（12月分） | 税務署 | 1月10日 | 1月12日（火） |
| 源泉所得税の納付（納期の特例：7〜12月分） | 税務署 | 1月20日 | 1月20日（水） |
| 給与所得の源泉徴収票の交付 | 社員本人 | 1月31日 | 2月1日（月） |
| 法定調書合計表・源泉徴収票など | 税務署 | 1月31日 | 2月1日（月） |
| 給与支払報告書 | 社員の1月1日の住所の市区町村 | 1月31日 | 2月1日（月） |
※ 令和9年は1月10日が日曜・11日が成人の日、1月31日が日曜のため、翌日以降に延びます。
押さえておきたいポイント
- 納付書では、還付した額を差し引く：12月（納期の特例なら7〜12月）の源泉所得税の納付書には、年末調整で還付した額を記入して差し引きます。忘れると税金を二重に納めてしまいます。
- 源泉徴収票の税務署への提出は一部だけ：社員全員分を出すのではなく、年末調整をした人なら、主に給与が500万円を超える人、役員で150万円を超える人などが対象です。
- 給与支払報告書は原則全員分：退職した人も含め、市区町村ごとに提出します。
- 電子での提出：前々年に提出した源泉徴収票などの枚数が30枚以上の会社は、税務署への提出をe-Taxなどの電子で行う必要があります。この場合、市区町村への給与支払報告書もeLTAXなどの電子で出す必要があり、紙では出せません。
- 給与支払報告書を電子で出せば、源泉徴収票の提出が不要に：令和9年1月以後に提出するものから、給与支払報告書をeLTAX（地方税の電子申告）で市区町村に提出すれば、同じ内容の源泉徴収票は税務署に提出したものとみなされる仕組みが始まります。
- 退職者がいた会社：令和7年度の税制改正により、令和8年以後に支払う退職手当等については、受給者全員分の退職所得の源泉徴収票を税務署に提出する必要があります（以前は役員分などに限られていました）。
7. 担当者のためのチェックリスト
- 給与ソフトが令和8年分の改正に対応しているか確認した
- 全員の基礎控除申告書がそろっている
- 家族の所得が、改正後の基準（62万円以下など）で判定されている
- 今年1月に扶養から外れた家族が、改正後に扶養に入れないか確認した
- 中途入社の人の前の勤務先の源泉徴収票を合算した
- 未払の給与を含め、非課税の通勤手当を除いて集計した
- 保険料は「申告額」で、控除証明書が添付されている
- 住宅ローン控除の用紙は「令和8年分」で、負担割合が反映されている
- 還付額の合計と、12月・1月の源泉所得税の額を比べ、還付しきれるか確認した
- 納付書に年末調整の還付額を記入した
- 源泉徴収票・法定調書合計表・給与支払報告書を2月1日（月）までに提出する段取りができている
まとめ
- 給与ソフトは計算してくれるが、申告書の点検は担当者にしかできない。令和8年分は扶養の所得要件が変わったので、特に家族の所得を確認する
- 集計では、未払の給与を含め、非課税の通勤手当を除き、前職分を合算する
- 計算の前に、給与ソフトが令和8年分の改正に対応しているかを確認する
- 令和8年分は還付が大きくなりやすい。12月・1月の源泉所得税で還付しきれるかを早めに見込む
- 令和9年の期限は、納付1月12日（納期の特例は1月20日）、提出2月1日。納付書では還付額を差し引く
これで連載「年末調整 令和8年分」は終わりです。毎年のことでも、制度が変わる年は思わぬところでつまずきます。社員の方には第2回を、担当者の方にはこの記事を、社内の案内にご活用ください。
当事務所は、毎月お伺いする巡回監査の中で給与計算の点検を行い、年末調整の時期には申告書の点検・年税額の確認・法定調書の作成までお手伝いしています。担当者が1人しかいない会社、今年から年末調整を担当することになった方からのご相談も多くいただいています。板橋区・大山で年末調整や源泉所得税のことでお困りの会社は、無料相談をご利用ください。